Desde novembro de 1991 o Instituto de Ortopedia e Traumatologia é credenciado pela Comissão de Ensino e Treinamento da Sociedade Brasileira de Ortopedia e Traumatologia. Foi o primeiro serviço de Residência Médica de Santa Catarina autorizado a especializar médicos como ortopedistas.

A primeira turma de residentes formou-se em Janeiro de 1995, com ótimas colocações no teste para obtenção do Título de Especialização em Ortopedia e Traumatologia (TEOT).

Em 1996, os residentes do IOT alcançam maior destaque, obtendo inclusive a primeira colocação no teste daquele ano. E assim, pela primeira vez, residentes formados na casa são convidados para fazer parte do corpo clínico do IOT, abrindo, desde então, as portas da própria clínica para o exercício profissional de muitos outros formandos com excelente nível.

Nos últimos anos, o R4, Programa de Residência do IOT, passou a incluir residência em Cirurgia da Coluna (desde 2005), Cirurgia do Joelho e Artroscopia (desde 2006) Cirurgia da Mão e Micro-cirurgia (desde 2007) e a partir de 2010 também Cirurgia do Pé e Ortopedia e Traumatologia Infanto-Juvenil.